玉皇殿自清代嘉慶十(1805)年建廟以來，經歷多次修建，早期的廟宇建築，因無可稽考，故無法推測其規模與格局，僅由歷代口述相傳，略知其建築由簡而繁逐步增修。現今的廟貌與格局，係民國六十年擴建完成，為座西朝東三門兩殿式的典型廟宇建築。而屋頂上色彩艷麗、造型栩栩如生的交趾陶及剪黏裝飾，則是在民國九十二年重修完成。

位於門面的三川殿正立面開設三門，三川殿即為廟宇的前殿，因位於廟宇的門面，所以特別注重其裝飾與工法，也常是匠師表現其技藝的所在。以外觀來看，玉皇殿的三川殿面寬三開間，其屋頂型式頗為富麗繁雜，融合了傳統工法的斷簷生箭口、歇山以及假四垂等三種型式，創造出莊嚴而華麗的風格。正脊及垂脊上施以各類交趾陶及剪黏作品，如正脊中央的天官賜福，兩側則有騎乘金龍的祈求吉慶將軍以及四獸與龍鳳，牌頭上的風調雨順四大天王以及為數眾多的交趾陶作品，營造玉皇殿廟宇建築的雄偉氣勢，在屋坡上則覆以黃色琉璃筒瓦，呈現莊嚴隆重的傳統漢式建築氛圍。

前步口置龍柱、石獅各一對，正立面大面兩側的壁堵上則有天官賜福、招財進寶兩座漏空石雕，二側壁堵上置龍、虎堵，並飾以各種題材的石雕壁堵，頗為複雜精彩。

三川殿內置八卦藻井一座，並於其上彩繪八仙，樑柱之上皆施以彩繪，其題材除了歷史章回小說內的故事之外，尚有忠(岳飛)、孝(花木蘭)、節(蘇武)、義(關羽)及四不足(梁武為帝欲作仙，石崇鉅富苦無錢，嫦娥照鏡嫌貌醜，彭祖焚香祝壽年)等題材。兩側牆面的壁堵上則雕刻歷代書畫名人墨蹟，相較於其他廟宇，玉皇殿的書法和畫作石雕，為廟宇建築增添了一份獨特的文化氣質。

在三川殿與正殿之間，設置兩側廂廊及天井，廂廊的屋頂為假四垂形式，上置華麗的交趾陶與減黏作品，廊內兩側壁堵則延續三川殿的風格，以石雕的歷代名家墨寶做為裝飾。

正殿是供奉神祇的所在，也是整座廟宇位階最為崇高的建築空間，採用假四垂形式的屋頂，並將上層的歇山式屋頂抬高，形成一座小型閣樓，此做法的目的，是讓供奉主神玉皇上帝的正殿成為全殿最高的空間，同時增添整座廟宇建築的宏偉氣勢。正殿面寬亦為三開間，屋頂上置交趾陶與剪黏作品，華麗而不失其莊嚴氣勢。殿內置藻井一座，分為三層，上層繪有八卦，中層則繪有星宿圖。

中央神龕供奉主祀神明玉皇上帝，前有王靈官，左側神龕供奉張天師與南斗星君，右側神龕則供奉玄天上帝及北斗星君，正殿內的樑柱施以彩繪，除了歷史章回小說如封神演義及三國演義的故事題材之外，亦有風神與雷神……等神仙彩繪。